盡管保稅區與自由貿易區都起到類似自由港的作用，但在開放程度、功能設計以及監督管理等方面還存在著較大區別。
一是保稅區在海關的特殊監管范圍內，貨物入區前須在海關登記，保稅區貨物進出境內、境外或區內流動有不同的稅收限制；而自由貿易區是在海關轄區以外的、無貿易限制的關稅豁免地區。
二是保稅區的貨物存儲有時間限定，一般為2～5年；而在自由貿易區內，貨物存儲期限不受限制。
三是由于保稅區內的貨物是“暫不征稅”，對貨物采用賬冊管理方式；而在自由貿易區，主要考慮貨暢其流為基本條件，多數自由貿易區采取門崗管理方式，運作手續更為簡化，交易成本更低。
四是目前許多保稅區的功能相對單一，主要是起中轉存放的作用，對周邊經濟帶動作用有限；而自由貿易區一般是物流集散中心，大進大出，加工貿易比較發達，對周邊地區具有強大的輻射作用，能帶動區域經濟的發展。
